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Por mucho que juegues con la orientación de los imanes sin cambio de polaridad no vas a conseguir obtener energía cinética neta.
Lo máximo que puedes hacer es tener un movil, mira, este tipo se hace uno casero (Aunque él lo llama motor lo cual no me da buena espina, pero en fin):
http://www.youtube.com/watch?v=uHffliC2whk&feature=related
Notesé que para saltar el "cambio" y acelerar el cacharro necesitas mover el iman, de ahí es donde viene el impulso que da caña a la ruedecita. Esa es la única fuente de energía, ese impulso, no se puede obtener energía neta del campo magnético en sí, esta es la clave de todo el tinglado.
Poniendo un juego de muelles puedes automatizar el cambio (supongo que eso es a lo que te refieres), pero el muelle requiere de energía para moverse y al final lo que gastas para mover el muelle por medio del motor va a ser siempre más que lo que obtienes del giro de la rueda y por supuesto, necesita de un impulso inicial para empezar a mover todo el tinglado.
Cualquier tipo que te venda que su motor es capaz de hacer ese cambio gastando menos energía de la que genera te esta timando xD.
Eventualmente el motor se parará.
Ahí es donde fallán al final todos estos supuestos motores magnéticos. En algun momento tienes que reconducir la energía del motor para realimentar lo que hace que el motor se mueva (reproducir el impulso inicial sin intervención externa) y la energía que obtengas del motor siempre va a ser menor que lo que supone el impulso.
Con imanes se pueden hacer muchas cosas de esas, entornos con poco rozamiento y moviles muy chulos que pueden estar moviendose mucho tiempo, pero no máquinas de movimiento perpetuo, eventualmente se paran. Y si les conectas a cualquier cosa para aprovechar su energía cinética se pararan antes claro .
Date cuenta de que no hay movimiento esponateneo. Los imanes por el hecho de existir no poseen "energía" en sí. Tienes que hacer algo (acercar imanes) para provocar una reacción, esa es al única energía que existe en ese caso, la que se transforma en movimiento del motorcito y la que luego se traslada al mecanismo que "repite" el impulso inicial en cada vuelta.
La historia es que puesto que ninguna transformación de energía es 100% efectiva (mucho menos más del 100% efectiva como algunos afirman en sus videos de youtube) esa reproducción del impulso inicial te supone una pérdida en el circuito.
De todas formas, ese tipo de juguetitos son bastante faciles de hacer, te compras unos cuantos imanes de neodimio de esos y juegas con ellos. Así te autoconvences y no dependes de las explicaciones de nadie .
EDIT: Me ha quedado bastante lioso, Trato de resumir un poco la clave del asunto:
-No hay energía en el campo magnético en sí. No se puede extraer energía del mismo. En este tipo de juguetes con imanes no funcionan porque esten extrayendo energía del campo magnético, lo que hacen es jugar con el efecto que produce el movimiento (provocado de forma externa) sobre los campos magnéticos. Lo único que sí existe es energía potencial por el hecho de acercar un iman a otro y se puede transformar en energía cinética usando felices diseños como el de Calloway.
Puesto que no se puede extraer energía del mismo la única fuente de energía es el impulso inicial. Con ese impulso inicial puedes hacer lo que quieras, pero si no le metes energía adicional nunca jamas (como la que supone cambiar la polaridad a una bobina) lo único que tienes es un movil que en algun momento se va a parar.
En un mundo ideal puedes diseñar un movil que una vez proporcionado el impulso inicial se mueva por siempre, pero eso NO es posible en el mundo real porque no existen las transformaciones perfectas de energía.