No es romper con las transformaciones de Lorentz. Es romper la invarianza Lorentz, que básicamente lo que dice es que la física es independiente de las direcciones y de los "boost". Dicho de otro modo, no existen sistemas de referencia privilegiados en los cuales la física sea distinta. O dicho de algun otro modo, no existen sistemas de referencia absolutos desde el cual definir tu teoría.
Admitir que existe un eter es romper la invarianza Lorentz porque existe un sistema de referencia particular (el propio ether) que te permite definir tu teoría en términos absolutos con respecto a él ya sea un eter gravitatorio como en este caso o un eter lumínico en el caso del eter clásico.