Creo que queda más claro usando sólo los índices con range(len(list)):
for i in range(len(mi_lista)):
if mi_lista[i] < 0:
mi_lista[i] = mi_lista[i] * -1
Aunque yo lo hubiera hecho con una list comprehension, que queda muy recogido y bonito xd
Pero no sé cuál es la forma más recomendable.