Sí claro, pantalla bloqueada, apagada, aplicación quitada... Aunque si está apagada / quitada (no estoy seguro sobre bloqueada) no suena el ring al terminar, pero si que pasaría al descanso.
Básicamente guardas la hora y el timer cuando navegas a otra pagina (o sales) y cuando vuelves comparas con la hora actual y haces las cuentas. Además también tiene los cálculos para que sea exacto el timer (ni corra más ni menos).
Y ahora que hablo, para Mango intentaré quitar el "hack" de la hora y aprovecharé la "multitarea"