Al principio lo más fácil es estudiarlos por grupos semánticos, por que es poca cantidad de kanjis.
Yo así lo estudié hasta el 3級.
Pero a partir de ahí el tema se complica y el orden a seguir es un poco a la buena de dios. En la academia a la que voy ahora nos los han ordenado según la lectura on-yomi, de tal forma que tienes un porrón de kanjis que se leen "shi" junticos, aunque no tengan relación semántica entre ellos.
A mi así me va bien, pero a unos amigos se les hace imposible con tantos kanjis el ser capaz de recordarlos. Parece ser que hay un sistema que te ayuda a crearte historietas para cada kanji, de tal forma que te acuerdas de él por la película que te has montado previamente. Creo que se llama "Kanjis para recordar" o "remembering kanji".
Más que un libro de texto, es una guía que te explica el método y te provee de historietas para unos 400 kanjis. A partir de ahí, ya te lo cueces tú mismo.