He probado el nivel del agua y me gusta, lo único reducir el volumen para que esté acorde al de fuera como te han dicho.
Se me han ocurrido un par de ideas para el tema de las cajas, el primero no me convence por el simple hecho de que estás metiendo una rampa cuando no la hay en todo el juego. Básicamente la caja no podría subir la rampa, es como si hubiese una pared vertical, pero el player se puede meter en el hueco (sin que este resbale) y empujar la caja separándola de la pared. Pero teniendo en cuenta el arte del juego no sé si encajaría.
Otra opción que se me ha ocurrido ya que has metido el agua es que metas conductos por los que si la caja va a parar a donde no debe no tengas que reiniciar, sino que la metes por él y vuelve a su lugar de origen, esto para casos determinados te puede venir dpm, pero aplicarlo como normal general tiene pinta de ser un buen dolor de huevos.
Yo suelto ideas por soltar como siempre por si alguna vale.
Y en la zona de agua, quizás podrías meter una zona con pinchos como esta en la que haya corrientes de agua y tengas que spamear el salto para que no te empuje contra los pinchos, está más trillao que siete, pero puede aportarle algo adicional.