Si, puedes borrarla cuando quieras, pero tener dos particiones es bastante útil por esto mismo:
En una tienes Windows + instalaciones y en la otra archivos sueltos y a la hora de formatear casi no te importa, ya que no tienes que preparar nada o casi nada (como mucho salvar los favoritos de tu navegador, alguna cosa que tengas aun en C y quieras conservarla pasarla a D, etc.). Así es solo formatear de nuevo y reinstalar programas, ya que los archivos siguen en las otras particiones.
