Aunq muchos intenten compararlos, son incomparables. La saga FF se caracteriza por mantener el género de Turn-Based RPG y respetarlo casi al máximo mientras sus gráficos se ven adornados por bellos escenarios, su aspecto sonoro por bandas sonoras de tintes épicos y todo bajo argumentos más dignos de los mejores libros de ciencia ficción y fantasía. Los Zelda, en cambio, son Action-RPGs con muchísimos tintes de aventura, que basa todo su potencial en la jugabilidad pero sin dejar a un lado el apartado gráfico y cuyos argumentos en los q se basan son todos muy parecidos entre sí, todos con una misma (o parecida) misión común y ambientado en un mundo siempre muy similar.
Yo personalmente prefiero la saga FF, ya que cada episodio es un mundo, encontrando mi sumun, como no, en Final Fantasy VII, que para mi es el mejor juego de la historia. La saga Zelda tampoco me disgusta, de hecho disfruté como un enano con el Twilight Princess, pero hay juegos de esa temática q me atraen más, como Kingdom Hearts (aunq difieran bastante), Okami o el ya viejo Alundra de PSX. De hecho, estos dos últimos, ambos conocidos como Zelda-killers, me parecen mejor q los propios juegos de Link, pero no puedo decir esto muy alto porque se me crucifica xDD.
Saludos.