Su misión no es exterminar, el nombre es "Segadores" su misión es salvar. Yo también voy a jugar con citas.
You exist because we allow it
Existimos porque se ventilaron a los que nos precedían. Si no los hubieran eliminado una especie habría colonizado la Tierra, se habría dedicado a jugar con los simpáticos simios de áfrica y nunca hubieramos evolucionado, eso es lo que está pasando ahora mismo en la galaxia.
1.- Los salarianos dieron tecnología para la que no estaban preparados a los Krogan y estos destruyeron su planeta, sobreviven porque son la especie más resistente, pero aún así están condenados a la extinción (de momento, la genofagia sigue sin cura).
2.- Los drell se hubieran extinguido, auto-eliminado, de no ser por la intervención de los Hanar. Nunca han estado preparados no son "dignos" a los ojos de un Reaper.
3.- La cantidad de planeta colonizados por las especies de la galaxia y en las cuales se explotan sus recursos, y la vida que hay en ellos (como los Varren, que de ser un animal Krogan, ahora están en todas partes).
Si Shepard vence, eventualmente una especie (la humana seguramente) se alzará sobre las demás, con el tiempo todas desaparecerán, los planetas serán inservibles, entre guerras y explotación de recursos y ninguna otra especie tendrá la oportunidad de existir y todo porque otros, que llegaron antes, no lo permiten.
Shepard se ha cargado un sistema solar entero, las vidas que han muerto ahí no importan, lo que importan son las vidas que podrían haber evolucionado ahí.
Por eso todas las especies tienen un periodo de vida de 50.000 años, hay un límite, tienen ese espacio para demostrar lo que valen, y cuando el reloj llega a 0 ascienden al estado de Reapers. No desaparecen, evolucionan, y pasan a formar parte del grupo que protege y da la oportunidad a otras especies, menos avanzadas, de existir, de evolucionar y de ganarse un sitio.