El juego, para el que no sepa de que trata, está basado en un cómic y en una novela.
El Aprendiz de Vader fue un humano tomado secretamente como aprendiz por Darth Vader durante la Gran Purga Jedi además de amante de la experta piloto imperial Juno Eclipse y piloto del Rogue Shadow. Vader lo quería para derrocar eventualmente al Emperador Palpatine. El Aprendiz de Vader era experto en los Rayos de la Fuerza y en el poder llamado telequinésis, sin embargo, siguiendo la regla de Darth Bane al Aprendiz de Vader no se le consideraba Aprendiz Sith dado al hecho de que Vader ocupaba ese lugar siendo Aprendiz de Sidious en ese entonces.
Vader sabía que debía mantener a su aprendiz en secreto a tal grado de que el mismo aprendiz tenía que deshacerse de Imperiales y de enemigos por igual.
El Aprendiz bajo las órdenes del mismo Darth Vader empezó a dar caza a los Jedi supervivientes a la Orden 66 entre los cuales estaban Shaak Ti, el General Kota, Maris Brood entre otros para ello recorriendo a veces mundos tan remotos como es el caso de Felucia lugar en donde estaba exiliada la antigua miembro del Consejo Jedi, Shaak Ti.