Entiendo tu punto de vista, pero sigo sin estar convencido de que la disonancia sea tan grande, ni de que la hayan ignorado si la hubiera.
El universo que plantea Last of Us no es algo nuevo, y el concepto de "mundo post apocalíptico donde los pocos supervivientes que quedan son violentos, desconfiados y agresivos por instinto de supervivencia" funciona muy bien y se ha empleado mucho. No vamos a ponernos ahora a hacer una disertación de por qué, pero el caso es que se usa mucho y funciona.
Lo de querer equipararlo a a la realidad, a que la gente negocia, huye... no me parece apropiado porque esto no es la realidad, es un mundo distópico distorsionado donde el comportamiento humano está irreconocible debido a las cosas que la gente tiene que hacer para sobrevivir. Se ve aquí, se ve en The Walking Dead... los típicos temas de a qué límites estamos dispuestos a llegar para sobrevivir, si perdemos nuestra humanidad en el camino, si nos convertimos en monstruos etc.
Pero es que yo creo que, si precisamente el trasfondo del juego es una guerra civil entre dos grupos guerrilleros, es precisamente para justificar (si alguien necesitara dicha justificación) ese aspecto del juego. Dos grupos guerrilleros armados que llevan inmersos en una lucha sangrienta durante tanto tiempo que ya ni se acuerdan de cómo empezó esa guerra, ni por qué, que está en un punto tal que luchan por luchar, que han deshumanizado al enemigo y solo quieren sangre.
A mí este contexto me basta y me sobra para entender cómo se desarrollan los encuentros de Ellie con ellos. Obviamente si estuviera jugando a GTA, le sacara la pipa a una señora en mitad de la calle y en vez de huir o suplicar por su vida me sacara ella un machete y me persiguiera, pues si me chocaría, pero me parece que el contexto que plantea TLOU2 está ahí entre otras cosas, precisamente, para que sea coherente de cara a los enfrentamientos con ellos.
De hecho si te fijas, tus encontronazos con otros personajes son todos con gente de estos grupos (o casi todos, si hay algún enemigo que sea ajeno a este conflicto no lo recuerdo). Si el contexto fuera otro, probablemente habría más variedad en ese sentido como lo había en el 1 donde algunos personajes que te encontrabas por el camino eran despiadados, otros eran amigables y solo querían sobrevivir, etc.
Y por último, me parece que el sigilo está lo bastante potenciado, es lo bastante variado y satisfactorio, con sus mejoras, sus retos... no es simplemente una opción minúscula rutinaria de estas que parecen añadidas a último minuto.