#489 Telegram encripta los chats secretos con el pin. Si pierdes el pin, pierdes los chats secretos. Si le pillaron "chats secretos" significa que el atacante tenía privilegios de root en el dispositivo y le leía la ram directamente, algo que no es sencillo a menos que tengas un teléfono rooteado (pierdes bastante seguridad rooteando, sí).
Otra cosa son los documentos enviados/recibidos, que parece que es de lo que va este caso.
Para que una aplicación de terceros pueda ver los documentos, tienes que darle permiso EXPLICITAMENTE al instalarla para que pueda acceder a los archivos del dispositivo. Hay toneladas de aplicaciones de estas de mierda en la misma play store.
El tema de los permisos no son moco de pavo. Tienes "Exodus Privacy" para chequear tu móvil y nadie debería dar permiso a los "archivos y fotos" a aplicaciones de dudosa procedencia.
Dar ese permiso significa que esa app automáticamente te va a escanear todo el móvil y si ve algo jugoso va a enviarlo donde quiera. Fotos, videos, documentos, etc. cualquier cosa. Es uno de los permisos más peligrosos desde mi punto de vista que sin embargo cualquier aplicación que use la cámara pide.
En seguridad, el eslabón más débil suele ser el usuario, como parece ser que es este caso.
PD: Ante un sistema comprometido utilizar gpg via email no sirve. Si tu sistema está comprometido el software atacante puede leerte la memoria directamente y ver el mensaje sin codificación. Se puede ofuscar y hay apps mejores que otras que encriptan también la memoria, pero al final la app siempre ha de acabar desencriptando el mensaje para mostrártelo y es ahí donde los badguys van a centrar esfuerzos. En un PC comprometido tener datos seguros es incluso más complicado que en Android por no decir casi imposible.