A ver, esas herramientas no son "buenas" o "malas", depende del uso que le des... ejemplo:
Un cuchillo es "malo"? Pues depende del uso, puede cortar pan con él o matar a una persona. A dichas herramientas les ocurre lo mismo, sin ir más lejos... El servicio secreto de Estados Unidos desarrolló un programa llamado "Carnivore" que permitía tener controladas las redes electrónicas de terroristas, delincuentes etc... en pocas palabras: un troyano.
En ese caso el troyano carnivore tenia un uso completamente justificado: protejer la seguridad nacional. El problema es que estas herramientas se han popularizado demasiado, y cuando las usas o ves su funcionamiento descubres que el 90% de ellas están enfocadas a realizar tareas "malas" y el otro 10% a realizar tareas "buenas".
Mi respuesta a tu pregunta sería: Sí, es correcto su uso, es igual de correcto el uso de programas como ConeCD o AnyDVD. Depende para que fin lo uses estarás fuera o dentro de la ley.
Saludos!