Los Stark son los buenos, si, por ser los mas honorables (lo que no significa que sean angeles, padre e hijo le cortaron la cabeza a gente por "justicia")
Pero de ahi a ser los protagonistas? es Flanders el protagonista en los Simpsons? Hay series en las que el protagonista no es un angelito. Se me viene a la cabeza Tony Soprano, sin ir mas lejos.
Por eso para mi, mi favorito es Stannis. Un tio muy del estilo "Soprano" hay que hacer lo que hay que hacer, tiene unas reglas rígidas y justas sobre su conducta, si para conseguir el trono que le pertenece por derecho, tiene que matar a su hermano menor, que tambien lo reclama ilegitimamente (porque siendo el menor está claro que no puede ser rey), pues lo mata, por que es lo que tiene que hacer.
El, como todos nosotros, ha visto que el Dios de la luz es algo real, porque ha visto su poder. Es lógico que abrace esta religión y tenga al lado a Melissandre. Por otro lado el tema de tener encerrada a su mujer y a su hija, comparto menos sus motivos, pero los entiendo, al fin y al cabo la niña es medio deforme, y aun asi va a visitarlas de vez en cuando.
Otra protagonista, sería Danaerys, que va liberando esclavos por donde va, y a la cual el trono, tambien podría decirse que le pertenece legítimamente, por ser una Talgaryan y madre de dragones. Para mi Stannis y Danaerys, los dos "legítimos y protagonistas al trono", aunque con matices del primero. Buenos tambien son Tyrion, Bronn, y los Starks que quedan, que tambien son honorables.
Luego ya por otro lado, en el medio de la escala good-bad, los Tully, y los astutos Lannister, ambiguos, Jaime recordemos que parece que está empezando a hacer cosas de "bueno" como salvar a la gigante. Cersei, Tywin, o los Tully, gente que hace lo que sea por sus intereses, pero usando la lógica y cuidando la imagen. Lo mismo que Meñique y Varis.
Y por último los malos, que serían Frey, Bolton (motivos obvios), el torturador, los Greyjoy (son poco mas que piratas con poco sentido del honor) Joffrey (ioputa) los Clegane, y alguno mas me dejaré.
Este es mi intento de análisis asi por encima, sin haberme leido los libros, de una cosa que me gusta mucho de la serie, el que no haya buenos ni malos definidos, como muchos decis.