Actualmente en Yokohama desde hace 3 años, te comento que el país está cerrado virtualmente al turismo "for the time being" no hay tiempo especificado por el Gobierno japonés para abrir el turismo libre como anteriormente.
Significa que poder venir se puede, pero con circuitos cerrados en plan Corea del Norte, si, tan extremo es el control, no puedes ir por libre a ningún sitio.
Teóricamente el próximo Hanami (floración de cerezos) estará abierto al turismo (esperemos).
Respecto a tu consulta, como bien dices un primer viaje a Japón la ruta recomendada es Kansai (Osaka/Kyoto/Nara) y Kanto (Tokyo). Recomendaría llegar al aeropuerto de Osaka y volver desde Tokyo.
La cantidad de días de estancia en cada ciudad depende de tus intereses, si te gusta lo tradicional, templos, cultura, parques... destinaría 6 o 7 noches mínimo en Kyoto y desde Kyoto moverme a Osaka, Nara y Kobe, si por lo contrario te gusta más el rollo urbano puedes hacer base en Osaka y desde Osaka moverte a Kyoto (es menos de una hora) media hora con el shinkansen (si tienes el Japan Rail Pass).
Yo en mi caso prefiero quedarme en Osaka, por el ambiente nocturno (Namba. Dotombori, Shinsaibashi, Tsūtenkaku...) la verdad es que por la noche hay mucho mas ambiente en Osaka que Kyoto, y desde Osaka tienes trenes directos a Kobe (recomendable barrio Chino) y muy buenas vistas nocturnas (hay un mirador - https://www.feel-kobe.jp/kobe-yakei/en/maya-viewline-kikuseidai/), trenes directos a Nara, Kyoto... ir a Nara es una excursión de un día quedarse a dormir en Nara no vale la pena.
Luego en mitad del viaje dirección Tokyo haría parada para ver Matsumoto (si te gustan los castillos y el rollo samurai) en Matsumoto está uno de los pocos castillos originales (no reconstruidos) de Japón y además es negro. Luego por la zona tienes Kanazawa, Takayama, Shirakawa... Nagoya no merece la pena para nada.
Una vez en Kanto (región de Tokyo) ya depende de ti lo que quieres pasar en la ciudad hay gente que le encanta perderse por Tokyo y pasar días, yo es que me aburre la ciudad, si está bien unos días en Akihabara, Shibuya, Shinjuku, Harajuku, Ginza, Roppongi... pero lo dicho depende de lo que te guste turismo urbano.
Cerca de Tokyo tienes excursiones que puedes hacer a Nikko (https://www.japan-guide.com/e/e3800.html), Hakone, Yokohama, Kamakura (famoso por el buda: https://es.wikipedia.org/wiki/K%C5%8Dtoku-in) y luego tienes Enoshima a pocos minutos de tren de Kamakura (https://matcha-jp.com/es/6308) muy recomendable si te gusta la
Tema wifi, a día de hoy hay wifi publico en muchos lugares, principalmente en los turísticos, no me preocuparía.
CAMBIOS DE DIVISAS: recuerda esto, la mejor opción es realizar el cambio en las casetas del aeropuerto EN Japón la comisión es ridícula comparada con realizar en cambio en España.
http://www.kaakix.co.jp/exchange/rate.html Tasa de cambio en el aeropuerto de Osaka (real) con comisiones aplicadas, mira las tarifas en Barajas o El Prat y se te caen los huevos al suelo.
Seguros de viaje, ya te digo yo que cuando se pueda venir a Japón va a ser obligatorio seguro médico 100%, por el tema COVID aquí la sanidad es básicamente privada, hay sistema público pero para personas sin recursos, si eres turista tienes que pagar todos los gastos médicos, y tal y como están las cosas ya te digo que te exigirán seguro médico.
Los de japonismo son unos putos flipaos frikis, que te dan unos consejos absurdos, a veces leyendo sus artículos me quedo flipando porque te venden como que son unos expertos pero en verdad son unos vendemotos, si puedes orientarte con lo que dicen, para rutas o lugares interesantes pero son unos flipados, que nunca han vivido en Japón, toda su experiencia es de turistas.
Opinión personal: seguramente no sea muy popular pero yo personalmente la ruta que haría (depende de los días claro) pero en el caso de tener limite de 2 semanas (mas o menos) haría región de Kansai (Osaka, Kyoto, Nara, Kobe) luego bajaría haciendo ruta por Himeji, Hiroshima, y pasaría la otra mitad del viaje en Kyushu (Fukuoka, Kumamoto, https://www.japan-guide.com/e/e4601.html - mi ciudad favorita de Japón-, Beppu, Takachiho...) Y si no iría a Tokyo si tuviera que elegir teniendo el tiempo limitado.