Que el EVA 01 y el 02 tengan alma está muy claro. El de Shinji su madre, y el de Asuka la suya. Que el EVA de Rey tenga alma, ha sido fenómeno de controversia durante muchos años. Se dice que está la madre de Ritsuko, y que por eso entró en bersecker e intentó cargarse a Ikari, PERO también se dice que en un EVA no puede haber 2 almas (o sea, o tiene el EVA, o tiene el piloto).
Una de las "Pruebas" es que cuando Rey quiere subirse al 01, la alma de la madre de Shinji no le deja. Puede ser por lo simple (la rechazaba porque quería que el padre de Shinji sintiera dependencia hacia él), o por lo dicho anteriormente; porque no pueden coexistir 2 almas en una EVA. No os rallo más, que son muchas indagaciones en páginas web de mexicanos atrapados.
Por lo tanto, se está estudiando si REI tenía alma o no.
Y el "precinto", sí, es un clon de la madre de Shinji. Lo que queda por ver es si este "precinto" está vacio o no.