Hay sitios donde explican por qué Neo tiene "poderes" fuera de Matrix, quizás es algo lioso de comprender pero NO, NO hay una simulación dentro de la simulación como tal, sino que el "Mundo Real" es otro sistema de control para que los humanos nunca sean libres, es decir, los que están en campos de cultivos y viven la Matrix digital como si eso fuera su vida, no hace falta ni decirlo que son esclavos, en cambio los que viven en Zion son considerados la resistencia, el último núcleo humano, esa ciudad que se ve en la película es la sexta que hacen las MAQUINAS, cada 100 años aproximadamente, simulan una búsqueda de la ciudad que ellas mismas crearon para mantener en esos humanos la ESPERANZA, una vez arrasada Zion, el Elegido vuelve a la fuente para diseminar el código y eligir a las 16 mujeres y 7 hombres para reiniciar otra vez el ciclo en otra Zion ya creada y preparada para que estos se alberguen y hagan crecer otra vez la población de la resistencia, pero a todo esto supongo que os preguntaréis porque hacen esto ¿no?
Ahí juega el papel Neo (la anomalía), ese "error" que el Arquitecto no puede corregir, pues lo aprovecha a su favor, lo tiene engañado hasta el final para que así cuando vaya a la fuente a diseminar el código, éste sea la base para la siguiente Matrix y así ser más eficaces con la simulación y tener más controlados a los humanos, que, al fin y al cabo, de esto va todo.
Con el paso de los ciclos, la simulación ha ido cambiando (mejorando gracias al camino del Elegido). En la primera película de Matrix, Smith le Explica a Morpheo la primera versión de Matrix, considerada la de la felicidad, una simulación donde los humanos eran totalmente "felices", perdieron miles de campos de conreo, normal, las máquinas pensaron lo más básico y fácil, o mejor dicho, lo más lógico, les mantenemos dormidos en un mundo donde no hay sufrimiento, ni maldad, ni nada de eso y plan perfecto. Se equivocaron ya que la propia personalidad humana hizo que se suicidasen y se matasen entre ellos y claro, perdieron muchas "pilas". La segunda Matrix fue la considerada la Matrix Underworld, en esa versión los humanos vivían con miedo, con pesadillas, atormentados, etc. (de ahí sale Merovingio o los Twins por ejemplo), evidentemente, también perdieron una buena ración de "Duracells" las máquinas, ni una cosa ni la otra Arquitecto, que te pasas de listo.
Después de esa Matrix, las máquinas no podían permitirse perder tanto conreo por fallar en las simulaciones ya que no entendían ni queriendo la psique humana, es por ello que crearon el Oráculo, que no es más que un programa intuitivo que se infiltra entre los redpils para "guiar" a la anomalía (el camino del Elegido) y que mejor manera que a través del amor (Trinity) con el líder de patrulla (Morfeo) y todo ello en el contexto de "La Profecía".
Y así llegar hasta a la sexta iteración que es cuándo se rompe el ciclo ya que pasan dos cosas, primera y principal Smith escapa fuera de control y es una verdadera amenaza para las máquinas y dos, Neo experimenta un nuevo nivel de amor con Trinity y por ello elegirá la otra puerta por primera vez. Gracias a ello acaba con Smith en el mundo real y se alía con las máquinas para acabar con él en Matrix dando su vida, que para él ya no vale nada porque Trinity ha muerto. Llega a la ciudad de las máquinas todo y la rebeldía ya que tiene "poderes" en el Mundo Real porque él, como los otros humanos conectados a Matrix (los redpils), son una especie de cyborgs con implantes metálicos e incluso emisores y receptores wifi (no es coña) que combinados con el código que él lleva dentro puede, por ejemplo, parar a los centinelas.
Después, todo esto se tiene que combinar con los conceptos de libre albedrío, elección/ilusión, etc etc… Pero eso ya lo dejamos para otro día que menudo tochaco xD
https://www.youtube.com/watch?v=CGXy6yCIwC8