#346 Las copias de seguridad de iTunes creo que son las que menos dejan que desear de todas xD!
Te guarda fondos de pantalla, fotos de la galería, todas las configuraciones de ajustes, listado de SMS, registro de llamadas entrantes, salientes y perdidas, alarmas, calendario, notas, contactos, configuraciones de aplicaciones incluyendo saves de los juegos (no se de donde sacaste que no lo hace), aplicaciones, música, podcast, videos, películas, iBook, videoclips...
Lo único que no te hace es backup a las aplicaciones de Cydia porque Cydia no tiene nada que ver con Apple, pero para eso hay aplicaciones en Cydia que hace backup de los contenidos de Cydia aparte de poder hacerla a pelo por SHH.
En cuanto a poder hacer una copia a esas copias de seguridad almacenadas en el PC, si, se puede hacer....