No tiene ningún sentido terminar la primera parte a nivel 99 con todas las materias disponibles a nivel máximo y empezar la segunda a ese mismo nivel con esas mismas materias.
El sistema más lógico es el mismo que se usa en los Kiseki, si tu personaje tiene un nivel mínimo en la primera parte, empiezas con 10 niveles más la segunda, si terminas la primera parte habiendo hecho todas las sidequests, en la segunda parte te dan un accesorio mejor que los que hay al principio y si consigues la mejor arma de Cloud en la primera parte, te dan una buster sword mejorada o algo así. Que has comprado los DLCs de costumes para señorita Cloud? Te los transfieren también.
La idea es que por haber conseguido X cosas en la primera parte, te den pequeñas ventajas no desequilibrantes.