El derecho feudal aragonés (del reino, no de la corona), al igual que el de reinos como el de Inglaterra, y al contrario que el de Castilla, contemplaba un principio conocido como el fragilitas sexis: la incapacidad biológica de la condición femenina para gobernar, lo que le vetaba la corona.
Esto quiere decir que, al matrimoniar Petronila con Ramón Berenguer IV, éste dada su condición de varón, aunque no adquiría la dignidad real, por no ser de linaje real aragonés (de ser pariente de algún monarca aragonés por matrimonios anteriores, sí se le hubiera concedido la dignidad real), adquiría de Petronila, por ser varón, todos los privilegios y derechos inherentes la condición de soberano de Aragón, lo que incluía el uso de las armas de la realeza aragonesa, con las cuales se le representa en
http://es.wikipedia.org/wiki/Archivo:petronila_Ramon_Berenguer.jpg
mientras que Petronila conservaba las armas dinásticas de la cruz de Alcoraz. Esto quiere decir que, si nos ceñimos a esta línea, el sello de RAmon Berenguer IV con la señera podría haber sido factible, dada su condición y sus derechos como Princeps. No obstante, y para complicar aún más la historia resulta que, por lo que oido, se ha demostrado que el dibujo cuatribarrado del escudo del sello corresponde a un motivo de tablones o de escamas, según unos análisis hechos en Madrid.
De todos modos, cabe pensar, como algunos han hecho, en que la cuatribarrada que conocemos no es la orginal: algunos documentos como, si no recuerdo mal, el armorial de Gelre (no estoy muy seguro) presentan versiones con dos o tres barras. Se ha propuesto que el número de barras aumentaría a razón de una barra por Valencia y otra por Baleares.
Además, personalmente, la condición vasallática clientelas de los dominios del conde de Barcelona, que por tiempos de la unión con Aragón tenía avasallado a, más o menos, los condes de casi todo el territorio catalán (creo que quedaban sueltos el de Urgell y algunos más) hace poco factible el uso de una enseña patrimonial como la señera por toda Cataluña.
Pero, claro, la única prueba que tenemos son suposiciones, la existencia de documentos papales que avalan el patronazgo papal de Aragón, y el derecho aragonés. No existen referencias gráficas fiables que avalen la autoría fiable de la señera a Aragón, y del mismo modo, las fuentes de época de Pedro IV y las renacentistas y posteriores, influenciadas por su legado no parecen fiables,así que el debate sigue abierto.
Lo único que se puede decir con seguridad es que, a partir del reinado de Pedro I el Católico (Pedro II según autores aragoneses) es que se constata el uso de la señera, por lo que podría haber sido creada ex novo, y otorgada en base a ser varón a Ramón Berenguer IV, para así respetar el derecho aragonés (cosa que me parece bastante verosímil).