Veo muy aventurado decir que se trata de extraterrestres. Como ya ha dicho #6 , San Diego tiene unas cuantas bases aéreas muy importantes, y algo así tendría que conllevar una reacción militar de algún tipo (Si lo ve la gente y lo graba una cámara de televisión, ellos lo tendrían que haber detectado antes).
El que no se muevan las luces y se limite al destello de dos de ellas me sugiere la posibilidad de un "efecto prisma", algo así como un fenómeno óptico totalmente inusual, que a una determinada hora del día, y coincidiendo con muchos factores, da como resultado el reflejo, a modo de espejismo en el cielo. Otra opción alternativa puede ser algún tipo de ensayo, experimento o ejercicio militar con pequeños drones, por ejemplo.
Habría que saber cuanto duraron esas luces, y desde que puntos se podían ver.
