Ya, pero hay una diferencia entre hacer cambios orientados al futuro para añadir capas al personaje, y añadir cambios al pasado retroactivamente, que es lo que ha pasado ahora.
Sí, en 2005 hicieron al Doctor el más "especial" al convertirle en el último de su raza, pero aquello fue mucho mejor. Para empezar, la Guerra del Tiempo como concepto es cojonudo. Por un lado, separa la serie clásica de la nueva para hacerla más accesible, librándose de mucha parte del lore y permitiendo introducirlo poco a poco. Pero, sobre todo, le da al Doctor un bagaje nuevo, lo convierte en un personaje atormentado por la culpa, amargo, dándole una dimensión que (hasta donde yo sé) no tenía en la serie clásica. El tema es que, precisamente, la etapa Davies va poco a poco convirtiéndole en un dios solitario , en alguien incluso más arrogante y peligroso (como se ve en capítulos como The Water of Mars). Es decir, se usa para contarnos cosas nuevas o explorar lados originales del Doctor.
Moffat siguió este hilo a su siguiente paso lógico: el Doctor llevaba tanto tiempo actuando como un ser arrogante y casi omnipotente que empezó a ser temido por el universo y a inspirar temor. Así que, durante la etapa de Moffat, el Doctor se dedicó a echar el freno, borró registros de su nombre a lo largo del universo, se recluyó, volvió a ser alguien anónimo. Y entonces hace algo que a mí me parece genial: recupera a Gallifrey. Su función narrativa como origen de la culpa y el dolor del Doctor ya no da más de sí, y traerlos de vuelta puede abrir nuevas posibilidades y nuevas historias futuras. Y lo hace muy bien, sin negar o faltar a la coherencia de las 7 temporadas anteriores, que estaban ancladas justamente en la base de que Gallifrey fue destruida.
Ahora llega Chibnall y dice "pues no, a mí me gusta Gallifrey destruido, así que pum". ¿Para qué, qué aporta volver a ese status quo que ya se exploró lo máximo posible durante 7 temporadas? Y no solo lo destruye sino que, junto con esa destrucción introduce cambios a la historia de la serie que generan decenas de incoherencias. Es decir, Doctor Who siempre ha tenido una continuidad un poco delicada (son 50 años de historias), pero nunca ningún capítulo ni ninguna trama había creado tantos agujeros a la vez.
Con el Master pasa lo mismo que con Gallifrey. Su transformación en Missy y su arco de redención fueron algo original y único, que concluyó en una historia multi-master (haciéndose eco de las clásicas historias multi-doctor). Todo eso se tira por la borda para volver a un Master loco de atar sin matices y sin ningún matiz en su relación con el Doctor.
Pero a lo que voy es, sí, tienes razón en que en 2005 se convirtió al Doctor en esa figura especial y casi omnipotente. Pero fue un cambio nuevo de cara al futuro, una nueva página de la historia, que no invalidaba todas las encarnaciones anteriores que habían tenido su personalidad propia y su evolución.
Lo que han hecho ahora no es simplemente añadir una página nueva (eso sería plantear una Decimotercera Doctora que rechaza esa actitud y afronta su vida de otra manera), lo que han hecho es ir a todas las páginas anteriores y reescribirlas, decir "no, el Doctor SIEMPRE fue especial". Lo cual, naturalmente, es muy distinto de decir "a partir de ahora, esta nueva encarnación del Doctor va a ser más especial". Una cosa es escribir de cara al futuro, la otra cambiar el pasado.
Tu dices que tirar de sucesos que no recuerda puede llevarle a confrontarse consigo mismo, pero esto implica pensar que Chibnall tiene el nivel como guionista para ello, o el interés, cosa que a día de hoy y tras 2 temporadas no ha demostrado (a las pruebas me remito). Es decir, tenemos unos companion que parecen de cartón, sin ningún rasgo de personalidad discernible ni conflicto mínimo entre ellos o con la Doctora (y sin conflicto no hay drama). Una Doctora inconsistente en sus acciones y su forma de pensar cuyo rasgo más acentuado hasta ahora es la pasividad (las cosas le pasan a ella, ella reacciona ante eventos, va siempre por detrás).
A día de hoy aún no han sido capaces de darle a esta Doctora el rango que el personaje necesita, no ha tenido un momento en el que su presencia acojone, que sientas que puede ser alguien peligroso. De hecho en este último capítulo me dio verguencita ajena cuando confronta al Master ante tanta revelación y lo que hace es...gritarle muy fuerte y empujarle al suelo, como un adolescente al que le han quitado el móvil... y es el momento de rabia más álgido de esta Doctora. Comparas eso con la autoridad que imponía Capaldi o la oscura sutileza con la que Matt Smith podía amenazar a otros enemigos sin perder la sonrisa y es para tirarse por un barranco.
Chibnall no ha sido capaz de explorar ningún tipo de conflicto interesante entre los companions y la Doctora y sus personalidades son prácticamente intercambiables (en 2 temporadas sabemos menos de ellos y están menos desarrollados que personajes terciarios en su momento como Jack Harkness o incluso el denostado Danny Pink). Lo siento pero yo no tengo ninguna fe en que este hombre pueda hacer algo interesante como lo que propones de "confrontarse consigo mismo", y salvo que mejore en un 400% en la siguiente temporada, ahora mismo lo único que hay claro es el destrozo que han hecho a la continuidad.