No es nada que tenga que ver con la serie, es de una operación de cataratas.
Cito:
The glint in Walter's eye is actually the result of cornea surgery in John Noble's eye. It's cool and mysterious, but it's really just part of the actor!
Esta es la respuesta que vas a encontrar en cualquier lado, no se de ninguna fuente oficial, pero siempre se ha dicho que ese es el motivo.