Claro que había más cosas aparte de los Final Fantasy, cosas como el Vagrant Story, los Chrono, Parasite Eve, Xenogear o Legend of y eso que yo conozca. Mira, de la Wikipedia los juegos que desarrollaron en sus mejores años:
spoiler1997
Pro-Logic Mahjong Pai-Shin (Solo Japón)
Final Fantasy VII
Bushido Blade
Final Fantasy IV (Solo Japón)
Power Stakes (Solo Japón)
Tobal 2 (Solo Japón)
Final Fantasy Tactics
Digical League (Solo Japón)
SaGa Frontier
Front Mission Second (Solo Japón)
Power Stakes Grade 1 (Solo Japón)
Einhander
Front Mission: Alternative (Solo Japón)
Chocobo's Mysterious Dungeon (Solo Japón)
1998
Super Live Stadium (Solo Japón)
Xenogears
Bushido Blade 2
Final Fantasy V (Solo Japón)
Hai-Shin 2 (Solo Japón)
Parasite Eve
Power Stakes 2 (Solo Japón)
Soukaigi (Solo Japón)
Brave Fencer Musashi
Another Mind (Japan only)
Ehrgeiz
Chocobo's Mysterious Dungeon 2
1999
Final Fantasy VIII
Final Fantasy Collection (Solo Japón) (Final Fantasy IV, Final Fantasy V y Final Fantasy VI)
Chocobo Racing
SaGa Frontier 2
Cyber Org (Solo Japón)
Racing Lagoon (Solo Japón)
Legend of Mana
Front Mission 3
Final Fantasy Anthology
Threads of Fate
Parasite Eve 2
Chocobo Stallion (Solo Japón)
Chocobo Collection (Solo Japón)
Esa lista que has puesto casi duplica a la de esos años, además de que casi todos son Final Fantasy remake random, Kingdom Hearts que luego ni se hacen ni llegan a nada (los de móviles), o juegos que acaban saliendo rana o peores de los esperado como Last Renmant o el mismo Star Ocean cuando con un poco más de esfuerzo en ellos podrían haber salido grandes juegos. Claro que no TODOS los juegos de Square fuesen joyas, pero si es cierto que de los 1015 juegos que anunciaban por lo menos 4 o 5 eran de hacer mención. Actualmente también hacen juegos buenos pero además de no salir con tanta calidad como se esperaría (mi perspectiva personal) están llenos de retrasos que antes no ocurrían, y la lista de juegos en desarrollo se alarga cada año más añadiendo más juegos que ya deberían haber salido y todo lo único que hace es confundirme y dame la sensación de que ya no es lo que era.
EDIT: Y lo del Versus, lo considero importante más por su carácter de ser un juego de sobremesa con gráficos de última generación y supuesta cúspide de lo que puede dar Square. Además de que es un juego que se anunció hace muchísimo y que todavía parece que está en base pre-Alpha cuando hace mucho que se debería haber acabado. La Square de antes no actuaba así y eso es lo que critico.