#488 de 41500Y a 50000Y (lo que vale el de 7D) son unos 50€ de diferencia al cambio actual... Y hay algunos traslados más que harás, seguramente irás al Fushini Inari + Arashiyama en Kyoto, y en Tokyo si te sobra algún día la línea Yamamote también la puedes usar para moverte por la ciudad.
En general por 40-50€ extras, para un primer viaje yo recomiendo pillar el JRP, la flexibilidad que da para mí merece la pena... No tienes que perder el tiempo comprando billetes individuales, si te equivocas o pierdes el tren por lo que sea, puedes pillar el siguiente, etc.
Lo único que debes concentrar todos esos trayectos en 7 días consecutivos, si ves que no te encaja por la ruta puedes pillar los billetes sueltos, o mirar una combinación de billete suelto + otro pase regional.
#509 si has comprado los vuelos en la misma reserva, si no alcanzas a la conexión la aerolínea debería darte otro vuelo, pero me imagino que tienes el vuelo de ida/vuelta por un lado, y has pillado luego un vuelo suelto para ir a Tokyo y de ahí pillar el regreso... en ese caso estás jodido, mi consejo de agente de viajes, es que cambies el vuelo. Me parece una temeridad ir con tan poco tiempo para recoger maleta + cambio de terminal + facturar...
Piensa que normalmente se embarca 40min antes de la salida (00:05 -> 23:25).
El horario anterior ya era un suicidio (2h de margen) ahora a llegando a las 22:15 (si todo va bien y no hay retrasos) es casi seguro que vas a perder el vuelo... En 1h no te da tiempo de hacer todo ni de coña, quizás se te aparece la virgen y lo consigues, pero yo no me la jugaría, las probabilidades de éxito son mínimas y si fallas, te va a tocar pagar un pastizal por un nuevo vuelo de regreso.